Prof. Dr. Mustafa ialah seorang profesor di Fakulti Perubatan, Universiti Malaya, Kuala Lumpur, Malaysia. Beliau juga merupakan Timbalan Dekan, fakulti Perubatan, Universiti Malaya, dan kemudian sebagai Timbalan Pengarah Pusat Perubatan Universiti Malaya (PPUM). Beliau kini adalah Profesor dan Dekan GILMS, Singapura.

Sebagai ahli akademik, beliau telah dinaikkan pangkat ke Profesor gred A (JUSA A) di Universiti Malaya dan beliau telah dianugerahkan Felo Akademi Sains Malaysia dan beliau juga dianugerahkan Top Research Scientist of Malaysia pada 2012 oleh akademi yang sama. Sebelum ini, beliau turut dianugerahkan anugerah saintis Cemerlang oleh Kementerian Pendidikan Malaysia pada tahun 2005.

Beliau juga pernah menjadi ahli panel perunding Pertubuhan Kesihatan Sedunia (WHO) dalam beberapa kali untuk membantu dalam krisis besar dunia seperti semasa pencemaran global melamin dalam makanan dan produk makanan, dan juga mengenai isu-isu yang berkaitan dengan penggunaan dan keselamatan bisphenol A dalam botol susu bayi.

Beliau telah dilantik sebagai Ahli Kolej Pengulas Pakar, Yayasan Sains Eropah (EFS). Beliau adalah penasihat akademik kepada HESTIC (Kesihatan, Alam Sekitar, Sains, Perunding Antarabangsa Teknologi), Tokyo, Jepun. Beliau ialah ahli pengasas, perunding Kanan dan Pengarah Pusat Pengajian Xenobiotik Shimadzu UMMC di Fakulti Perubatan, Universiti Malaya.

Sejak tahun-tahun awal kerjayanya beliau telah menjalankan penyelidikan meluas dalam pelbagai disiplin seperti Perubatan Herba, toksikologi, dadah penyalahgunaan, keselamatan makanan, Kesihatan persekitaran, kesihatan pekerjaan, teknik analisis dalam mengenal pasti bahan kimia toksik dan bahan kimia yang mengganggu endokrin. Beliau juga merupakan penyelaras Projek Kebangsaan untuk "Universiti Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu mengenai pemantauan, analisis dan tadbir urus Alam Sekitar di Asia Timur: Pemindahan Teknologi" yang berpangkalan di Tokyo, Jepun. Beliau juga merupakan ahli majlis Keselamatan Makanan Kebangsaan Malaysia.